fix(pkg): 補齊稽核缺失並修掉護欄失效

What：依 jsc-meta:skill-check 的稽核結果修正技能與工具——補上每個步驟的可檢核完成條件、
把留在內文的標準輸入輸出流程下放 tools/、修正查表與退碼路由造成的誤判。

Why：稽核發現這些缺失會讓技能在實際執行時走錯分支或靜默通過。
完成條件缺漏是最常被違反的一項；退碼誤判與查表錯誤則會讓良性狀況被當成失敗。

How：逐項對照 references/guidelines.md 的審核檢查清單修正，新增的工具都有
documented exit codes，並以真實執行驗證每條路徑。

Who：jsc-meta:skill-check 例行稽核（2026-08-25）。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 <noreply@anthropic.com>

tools/apply-version.sh

@@ -1,17 +1,36 @@
 #!/usr/bin/env sh
 # apply-version.sh — 改寫版本來源檔案，把套件釘選到指定版本。
-# 用法: apply-version.sh <ecosystem> <project-dir> <name> <version>
-#   ecosystem: nodejs | python | dotnet
-# 對應檔案（與 list-packages.sh 相同的解析邏輯）:
+# 用法：apply-version.sh <ecosystem> <project-dir> <name> <version>
+#   ecosystem：nodejs | python | dotnet
+# 對應檔案（與 list-packages.sh 相同的解析邏輯）：
 #   nodejs → package.json（dependencies / devDependencies）
 #   python → requirements.txt（優先）或 pyproject.toml 的 [project] dependencies
 #   dotnet → *.csproj 的 PackageReference
-# 找不到對應檔案 exit 3；檔案中找不到該套件 exit 4
+# 結束碼（慣例見 README「工具」章的結束碼總表）：
+#   0 改寫成功
+#   1 參數個數不對
+#   2 ecosystem 不認識
+#   3 找不到對應的版本來源檔案——呼叫方跳過這個套件
+#   4 檔案中找不到該套件——呼叫方跳過這個套件
+#   5 需要的指令不存在（python3）
+#   6 找不到專案目錄——呼叫方停手，不要當成跳過
 set -u
-eco="${1:?ecosystem required (nodejs|python|dotnet)}"
-DIR="${2:?project dir required}"
-name="${3:?package name required}"
-version="${4:?version required}"
+
+if [ "$#" -ne 4 ]; then
+  echo "用法：apply-version.sh <ecosystem> <project-dir> <name> <version>" >&2
+  exit 1
+fi
+
+eco="$1"
+DIR="$2"
+name="$3"
+version="$4"
+
+# 先擋找不到專案目錄。少了這道，壞路徑會被報成「沒有版本來源檔案」，然後被當成跳過藏起來。
+[ -d "$DIR" ] || { echo "project dir not found: $DIR" >&2; exit 6; }
+
+# 三種來源檔案都靠 python3 改寫。少了 python3 會被誤判成檔案中找不到該套件，所以先擋。
+command -v python3 >/dev/null 2>&1 || { echo "python3 not found" >&2; exit 5; }
 
 case "$eco" in
   nodejs)