fix(assistant): 判定是不是存取庫交給 git 自己回答

原本看 .git 在不在。這台機器的工作目錄底下剛好有一個目錄的 .git 只剩
一個空的 info/，git 一句「not a git repository」——而掃描把它算成一個
存取庫，還印成「沒有 origin」。那個說法讀起來像「這個存取庫還沒接遠端」，
不像「這裡根本不是存取庫」，兩件事的處置完全不同。

改成由 git 回答，並核對它認定的頂層就是那個目錄：只問「是不是在工作樹裡」
不夠，git 會從那裡往上找，.git 壞掉時它會找到上一層的存取庫然後答「是」。
兩邊都解成實體路徑再比，掃描起點帶符號連結那一段時字串才對得上。

多一個 not_a_repo= 判定行與收尾計數，執行那一支照樣原樣轉出。
存取庫數從 19 個變 18 個。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 <noreply@anthropic.com>

tools/scan-repos.sh

@@ -16,6 +16,7 @@
 # 結束碼:
 #   0  掃到至少一個存取庫，而且每一個都對得出 REPO_{HASH}、路徑也都送得進殼
 #   1  掃到了，但有幾個對不出頁名或路徑被拒。可用的那幾個照印，被拒的逐行印在 rejected=
+#      有 .git 卻不被 git 認的那幾個也算在這一碼裡，印在 not_a_repo=
 #   2  用法錯誤：不認得的子命令或選項、選項缺值、--scan-root 不是絕對路徑、--depth 超出範圍
 #   3  掃描起點沒設定，或那條路徑不是存在的目錄——**什麼都沒掃**，不等於「這台機器沒有存取庫」
 #   4  掃過了，一個 git 存取庫都沒有
@@ -183,7 +184,7 @@ sort -u -o "$CAND" "$CAND"
 
 # --- 逐個判定 ---
 
-N_REPO=0; N_REJ=0; N_UNNAMED=0; N_EXCL=0; N_LINK=0
+N_REPO=0; N_REJ=0; N_UNNAMED=0; N_EXCL=0; N_LINK=0; N_FAKE=0
 OUT="$TMPD/out.txt"
 : >"$OUT"
 
@@ -195,9 +196,32 @@ while IFS= read -r d; do
     emit "excluded=$d reason=在排除清單上"
     continue
   fi
-  # .git 可能是目錄（一般存取庫），也可能是檔案（worktree 與子模組）。兩種都算存取庫。
+  # .git 可能是目錄（一般存取庫），也可能是檔案（worktree 與子模組），所以先看它在不在，
+  # 但**在不在只是初篩，不是判定**。
   [ -e "$d/.git" ] || continue
 
+  # 判定交給 git 自己。有 .git 不等於是存取庫：實測這台機器上有一個目錄底下的 .git 只剩
+  # 一個空的 info/，git 一句「not a git repository」，而只看 .git 在不在的掃描把它算成
+  # 一個存取庫、印成「沒有 origin」——那個說法讀起來像「這個存取庫還沒接遠端」，
+  # 不像「這裡根本不是存取庫」。兩件事的處置完全不同。
+  #
+  # 只問「是不是在工作樹裡」不夠：git 會從這個目錄往上找，$d/.git 壞掉時它會找到上一層的
+  # 存取庫然後回答「是」。所以要再核對它認定的頂層就是 $d 自己。兩邊都解成實體路徑再比，
+  # 掃描起點帶符號連結那一段時字串才對得上。
+  _top=$(git -C "$d" rev-parse --show-toplevel 2>/dev/null) || _top=''
+  _dreal=$(CDPATH= cd -P -- "$d" 2>/dev/null && pwd -P) || _dreal=''
+  _topreal=''
+  [ -n "$_top" ] && { _topreal=$(CDPATH= cd -P -- "$_top" 2>/dev/null && pwd -P) || _topreal=''; }
+  if [ -z "$_topreal" ] || [ "$_topreal" != "$_dreal" ]; then
+    N_FAKE=$((N_FAKE + 1))
+    if [ -z "$_top" ]; then
+      emit "not_a_repo=$d reason=有 .git 但 git 自己不認，多半是刪剩的殘骸"
+    else
+      emit "not_a_repo=$d reason=有 .git 但 git 認定的頂層是 $_top，這裡不是存取庫的根"
+    fi
+    continue
+  fi
+
   case "$d" in
     *[!A-Za-z0-9/._-]*)
       N_REJ=$((N_REJ + 1))
@@ -255,7 +279,7 @@ else
   done <"$OUT"
 fi
 
-emit "scan_root=$SCAN_ROOT depth=$DEPTH repos=$N_REPO unnamed=$N_UNNAMED rejected=$N_REJ excluded=$N_EXCL skipped_links=$N_LINK"
+emit "scan_root=$SCAN_ROOT depth=$DEPTH repos=$N_REPO unnamed=$N_UNNAMED rejected=$N_REJ excluded=$N_EXCL skipped_links=$N_LINK not_a_repo=$N_FAKE"
 
 case "$HASH_MODE" in
   sha1sum|shasum) note '找不到共用那一支 hash-id（jsc-gitea 的 tools/hash-id），這一輪的頁名改用本機的 SHA-1 算。兩者是同一條規則、值相同，只是少了一層共用；--root 餵對就會用共用那一支。' ;;
@@ -267,7 +291,9 @@ esac
 if [ "$N_REPO" -eq 0 ]; then
   die 4 "掃過 $SCAN_ROOT 底下 $DEPTH 層，一個 git 存取庫都沒有。掃描起點指錯一層就會長這樣——工作目錄的版面是「一個存取庫一個子目錄」，指到某一個存取庫裡面就只剩它自己那一個，指到家目錄就一個都沒有。"
 fi
-if [ "$N_REJ" -gt 0 ] || [ "$N_UNNAMED" -gt 0 ]; then
+[ "$N_FAKE" -gt 0 ] && warn "有 $N_FAKE 個目錄底下有 .git 卻不被 git 認，逐個印在上面的 not_a_repo= 那幾行。那不是「還沒接遠端的存取庫」，是刪剩的殘骸或者不是存取庫的根——只看 .git 在不在的掃描會把它算成一個存取庫。"
+
+if [ "$N_REJ" -gt 0 ] || [ "$N_UNNAMED" -gt 0 ] || [ "$N_FAKE" -gt 0 ]; then
   exit 1
 fi
 exit 0