diff --git a/app/main.js b/app/main.js
index 6339511..9b128cb 100644
--- a/app/main.js
+++ b/app/main.js
@@ -115,7 +115,9 @@ async function main() {
   // Step7 過濾：套用排除規則 + 防守方 AI 誤報裁決
   step('Step7', '排除規則與誤報過濾');
   if (reconcile.excludedFindings.length > 0) {
-    appendExclusions(WORKSPACE, reconcile.excludedFindings, repoDir || WORKSPACE);
+    // 以 repoDir 為主（即將提交回去的來源分支副本），WORKSPACE 為鏡像；
+    // 順序須與下方 loadExclusions 一致，否則會讀到空的 WORKSPACE 而把既有排除規則覆蓋掉。
+    appendExclusions(repoDir || WORKSPACE, reconcile.excludedFindings, WORKSPACE);
   }
   const exclusions = loadExclusions(repoDir || WORKSPACE, repoState, WORKSPACE);
   input(`待過濾 ${sorted.length} 筆；排除規則 ${exclusions.length} 條`);