fix: align flow with README, add Step4 exclusions filter, fix step numbers

TODO.md

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 ## 階段二：Findings 產生與合併
 - 目標：各角色（style/security/performance/maintainability/testing）能產生 findings，並正確合併新舊 findings。
 - 驗收：log 中能看到每個角色 findings 數量、合併後 findings 統計，並有「Step3: merged findings total=...」等訊息。
+- 完成
 
 ## 階段三：AI 去重與角色確認
 - 目標：嘗試呼叫 LLM 進行 findings 去重與角色確認，API 額度不足時要有降級處理 log。
 - 驗收：log 中能看到 deduplication/resolution confirmation 成功或失敗（如 402），降級時有「保留所有問題」等明確訊息。
+- 完成
 
 ## 階段四：排除問題過濾
 - 目標：讀取排除問題檔案，過濾 PR 問題表格中不需要處理的問題。
 - 驗收：log 中能看到排除問題檔案讀取成功或不存在的訊息，以及過濾後 findings 數量變化。
+- 完成
 
 ## 階段五：findings 寫入與 comment 發布
 - 目標：findings.jsonl 正確寫入，comment 發布順序正確（舊問題→非嚴重→嚴重），每步有 log。
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 每個階段都會加上明確的 log，並確保即使部分功能未完成也能降級執行、不會中斷 pipeline。
 
-每次執行後請貼 log，我會協助 debug。
+每次執行後請貼 log，我會協助 debug。